Merge pull request #125 in HDFFV/hdf5 from ~BYRN/hdf5_adb:develop to develop

* commit '3ae37a2068c96cd0adbbd5182e9f9890629d6994':
  Correct location of file for chmod statement
  Add missing h5format_convert generated files
  Correct locations of tools files

2 files changed, 113 insertions, 112 deletions

diff --git a/MANIFEST b/MANIFEST
index 49c133d..7764c6c 100644
--- a/MANIFEST
+++ b/MANIFEST
@@ -1197,55 +1197,55 @@
 ./tools/test/h5import/h5importtestutil.sh.in
 
 # testfiles for h5import
-./tools/h5import/testfiles/binfp64.conf
-./tools/h5import/testfiles/binfp64.h5
-./tools/h5import/testfiles/binin16.conf
-./tools/h5import/testfiles/binin16.h5
-./tools/h5import/testfiles/binin32.conf
-./tools/h5import/testfiles/binin32.h5
-./tools/h5import/testfiles/binin8.conf
-./tools/h5import/testfiles/binin8.h5
-./tools/h5import/testfiles/binin8w.conf
-./tools/h5import/testfiles/binin8w.h5
-./tools/h5import/testfiles/binuin16.conf
-./tools/h5import/testfiles/binuin16.h5
-./tools/h5import/testfiles/binuin32.conf
-./tools/h5import/testfiles/binuin32.h5
-./tools/h5import/testfiles/textpfe.conf
-./tools/h5import/testfiles/textpfe.h5
-./tools/h5import/testfiles/textpfe64.txt
-./tools/h5import/testfiles/txtfp32.conf
-./tools/h5import/testfiles/txtfp32.h5
-./tools/h5import/testfiles/txtfp32.txt
-./tools/h5import/testfiles/txtfp64.conf
-./tools/h5import/testfiles/txtfp64.h5
-./tools/h5import/testfiles/txtfp64.txt
-./tools/h5import/testfiles/txtin16.conf
-./tools/h5import/testfiles/txtin16.h5
-./tools/h5import/testfiles/txtin16.txt
-./tools/h5import/testfiles/txtin32.conf
-./tools/h5import/testfiles/txtin32.h5
-./tools/h5import/testfiles/txtin32.txt
-./tools/h5import/testfiles/txtin8.conf
-./tools/h5import/testfiles/txtin8.h5
-./tools/h5import/testfiles/txtin8.txt
-./tools/h5import/testfiles/txtuin16.conf
-./tools/h5import/testfiles/txtuin16.h5
-./tools/h5import/testfiles/txtuin16.txt
-./tools/h5import/testfiles/txtuin32.conf
-./tools/h5import/testfiles/txtuin32.h5
-./tools/h5import/testfiles/txtuin32.txt
-./tools/h5import/testfiles/txtstr.conf
-./tools/h5import/testfiles/txtstr.h5
-./tools/h5import/testfiles/txtstr.txt
-./tools/h5import/testfiles/dbinfp64.h5.txt
-./tools/h5import/testfiles/dbinin8.h5.txt
-./tools/h5import/testfiles/dbinin8w.h5.txt
-./tools/h5import/testfiles/dbinin16.h5.txt
-./tools/h5import/testfiles/dbinin32.h5.txt
-./tools/h5import/testfiles/dbinuin16.h5.txt
-./tools/h5import/testfiles/dbinuin32.h5.txt
-./tools/h5import/testfiles/dtxtstr.h5.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/binfp64.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/binfp64.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/binin16.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/binin16.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/binin32.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/binin32.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/binin8.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/binin8.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/binin8w.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/binin8w.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/binuin16.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/binuin16.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/binuin32.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/binuin32.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/textpfe.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/textpfe.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/textpfe64.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/txtfp32.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/txtfp32.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/txtfp32.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/txtfp64.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/txtfp64.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/txtfp64.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin16.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin16.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin16.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin32.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin32.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin32.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin8.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin8.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/txtin8.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/txtuin16.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/txtuin16.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/txtuin16.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/txtuin32.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/txtuin32.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/txtuin32.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/txtstr.conf
+./tools/test/h5import/testfiles/txtstr.h5
+./tools/test/h5import/testfiles/txtstr.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/dbinfp64.h5.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/dbinin8.h5.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/dbinin8w.h5.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/dbinin16.h5.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/dbinin32.h5.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/dbinuin16.h5.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/dbinuin32.h5.txt
+./tools/test/h5import/testfiles/dtxtstr.h5.txt
 
 # h5diff sources
 ./tools/src/h5diff/Makefile.am
@@ -1260,56 +1260,56 @@
 
 # h5format_convert sources
 ./tools/src/h5format_convert/Makefile.am
-./tools/src/h5format_convert/h5fc_chk_idx.c
-./tools/src/h5format_convert/h5fc_gentest.c
 ./tools/src/h5format_convert/h5format_convert.c
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_n_all.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_bt1.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_err.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_non_chunked.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_d_file.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_ndata_bt1.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_dname.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_nonexistdset_file.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_help.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_all.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_nooption.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_n_1d.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_nonexistfile.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_non_v3.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_edge_v3.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_err_level.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_f.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_i.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_s.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_if.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_is.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_sf.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext3_isf.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext_none.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_f.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_i.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_s.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_if.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_is.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_sf.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext3_isf.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext_none.h5
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_f.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_i.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_s.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_if.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_is.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_sf.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext3_isf.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_f.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_i.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_s.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_if.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_is.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_sf.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext3_isf.ddl
-./tools/src/h5format_convert/testh5fc.sh.in
+./tools/test/h5format_convert/h5fc_chk_idx.c
+./tools/test/h5format_convert/h5fc_gentest.c
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_n_all.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_bt1.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_err.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_non_chunked.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_d_file.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_ndata_bt1.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_dname.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_nonexistdset_file.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_help.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_all.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_nooption.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_v_n_1d.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_nonexistfile.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_non_v3.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_edge_v3.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_err_level.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_f.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_i.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_s.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_if.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_is.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_sf.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext3_isf.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext_none.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_f.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_i.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_s.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_if.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_is.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_sf.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext3_isf.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext_none.h5
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_f.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_i.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext1_s.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_if.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_is.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext2_sf.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/h5fc_ext3_isf.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_f.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_i.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext1_s.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_if.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_is.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext2_sf.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testfiles/old_h5fc_ext3_isf.ddl
+./tools/test/h5format_convert/testh5fc.sh.in
 
 # h5repack sources
 ./tools/src/h5repack/Makefile.am
@@ -2328,11 +2328,11 @@
 ./tools/test/h5repack/testfiles/h5repack_layout.h5-plugin_test.ddl
 ./tools/test/h5repack/testfiles/h5repack_layout.h5-plugin_version_test.ddl
 ./tools/test/h5repack/testfiles/h5repack_layout.h5-plugin_zero.tst
-./tools/h5repack/testfiles/1_vds.h5-vds_dset_chunk20x10x5-v.ddl
-./tools/h5repack/testfiles/2_vds.h5-vds_chunk3x6x9-v.ddl
-./tools/h5repack/testfiles/3_1_vds.h5-vds_chunk2x5x8-v.ddl
-./tools/h5repack/testfiles/4_vds.h5-vds_conti-v.ddl
-./tools/h5repack/testfiles/4_vds.h5-vds_compa-v.ddl
+./tools/test/h5repack/testfiles/1_vds.h5-vds_dset_chunk20x10x5-v.ddl
+./tools/test/h5repack/testfiles/2_vds.h5-vds_chunk3x6x9-v.ddl
+./tools/test/h5repack/testfiles/3_1_vds.h5-vds_chunk2x5x8-v.ddl
+./tools/test/h5repack/testfiles/4_vds.h5-vds_conti-v.ddl
+./tools/test/h5repack/testfiles/4_vds.h5-vds_compa-v.ddl
 
 # jam utility and tests
 ./tools/src/h5jam/Makefile.am
@@ -3049,6 +3049,9 @@
 ./src/Makefile.in
 ./test/Makefile.in
 ./testpar/Makefile.in
+./tools/Makefile.in
+./tools/lib/Makefile.in
+./tools/src/Makefile.in
 ./tools/src/h5copy/Makefile.in
 ./tools/src/h5diff/Makefile.in
 ./tools/src/h5dump/Makefile.in
@@ -3058,13 +3061,8 @@
 ./tools/src/h5ls/Makefile.in
 ./tools/src/h5repack/Makefile.in
 ./tools/src/h5stat/Makefile.in
-./tools/lib/Makefile.in
-./tools/Makefile.in
-./tools/src/Makefile.in
-./tools/test/Makefile.in
 ./tools/src/misc/Makefile.in
-./tools/src/misc/vds/Makefile.in
-./tools/src/perform/Makefile.in
+./tools/test/Makefile.in
 ./tools/test/h5copy/Makefile.in
 ./tools/test/h5diff/Makefile.in
 ./tools/test/h5dump/Makefile.in
diff --git a/configure.ac b/configure.ac
index e4e3516..f9d535b 100644
--- a/configure.ac
+++ b/configure.ac
@@ -699,7 +699,7 @@ if test "X$HDF_CXX" = "Xyes"; then
   ## if C++ can handle static cast
   PAC_PROG_CXX_STATIC_CAST
 
-  ## Checking if C++ has offsetof extension, 
+  ## Checking if C++ has offsetof extension,
   ## note: this test has to be the last of the C++ tests because it sets a definition
   ## which would be used in the other tests, causing them to fail.
   PAC_PROG_CXX_OFFSETOF
@@ -2869,7 +2869,7 @@ if test ${ac_cv_sizeof_long_double} = 0; then
    hdf5_cv_ldouble_to_llong_accurate=${hdf5_cv_ldouble_to_llong_accurate=no}
 else
    AC_CACHE_VAL([hdf5_cv_ldouble_to_llong_accurate],
-        [AC_RUN_IFELSE([AC_LANG_SOURCE([$TEST_SRC])], 
+        [AC_RUN_IFELSE([AC_LANG_SOURCE([$TEST_SRC])],
         [hdf5_cv_ldouble_to_llong_accurate=yes], [hdf5_cv_ldouble_to_llong_accurate=no],[])])
 fi
 
@@ -3348,6 +3348,9 @@ AC_CONFIG_FILES([src/libhdf5.settings
                  tools/test/h5diff/Makefile
                  tools/test/h5diff/testh5diff.sh
                  tools/test/h5diff/testph5diff.sh
+                 tools/src/h5format_convert/Makefile
+                 tools/test/h5format_convert/Makefile
+                 tools/test/h5format_convert/testh5fc.sh
                  tools/test/h5jam/Makefile
                  tools/test/h5jam/testh5jam.sh
                  tools/test/h5repack/Makefile
@@ -3426,7 +3429,7 @@ AC_CONFIG_COMMANDS([.classes], [], [$MKDIR_P java/src/.classes;
 
 AC_OUTPUT
 
-chmod 755 tools/misc/h5cc
+chmod 755 tools/src/misc/h5cc
 
 if test "X$HDF_FORTRAN" = "Xyes"; then
   chmod 755 fortran/src/h5fc