[svn-r1087] Changes since 19990218

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./src/H5F.c
./src/H5private.h
./src/H5Ipublic.h
./src/H5O.c
	Fixed a rather nasty bug with file closing that caused the
	file boot block to be updated incorrectly, effectively
	truncating the file.  The bug I fixed was triggered by:

	    1. Create a file, F
	    2. Open an object, X
	    3. Close file F
	    4. Reopen file F for read/write.
	    5. Create and close some objects
	    6. Close file F
	    7. Close library (exit).

	Step 3 pended the close because object X is still open, but
	the file ID was removed from the H5I_FILE ID group. Step 4
	created a new file because it didn't see any matching file on
	the H5I_FILE ID group.  Step 5 extends the file. Step 6 writes
	the new file boot block to disk. Step 7 closes object X and
	completes the close from step 3, writing the old boot block
	information to disk.

	The new behavior is that step 3 moves the file from the
	H5I_FILE group to the H5I_FILE_CLOSING group. Step 4 searches
	both groups and finds the file. Step 5 extends the file using
	the same H5F_file_t struct as step 3. Step 6 closes the H5F_t
	struct opened in step 3 but not the H5F_file_t struct shared
	by steps 1 and 3. Step 7 closes object X which closes the
	H5F_file_t from step 1, flushing the boot block which was
	shared by all steps.

./src/H5F.c
	Added some bulletproofing to file reference counting and
	removed comments which no longer apply.  Added H5F_flush_all()
	and H5F_close_all() which apply to all files.

./src/H5A.c
./src/H5D.c
./src/H5F.c
./src/H5G.c
./src/H5I.c
./src/H5Iprivate.h
./src/H5R.c
./src/H5RA.c
./src/H5S.c
./src/H5T.c
	Added the new H5I_free_t data type to describe the function
	type to be passed as the `free_func' argument to
	H5I_init_group().

./src/H5I.c
	Bulletproofed the object removal functions. Removed comments
	which no longer apply. Changed global variable names so they
	don't violate the naming scheme. Added H5I_debug() that prints
	the contents of an ID group.  Removed H5I_inc_ref() because it
	isn't used. Reindented a couple of functions.

./src/H5.c
./src/H5G.c
./src/H5Ipublic.h
	Changed H5I_MAXID to H5I_NGROUPS to better relect the fact
	that it's the total number of valid ID groups.

./src/H5Shyper.c
	Changed hyperslab offset arrays to signed quantities to get
	rid of warnings on DEC cluster.

./src/H5Flow.c
./src/H5Fprivate.h
	Changed the objno argument of H5F_addr_pack() to be unsigned
	to get rid of warnings on DEC cluster.

1 files changed, 392 insertions, 382 deletions

diff --git a/src/.distdep b/src/.distdep
index 975bda6..45195ce 100644
--- a/src/.distdep
+++ b/src/.distdep
@@ -1,67 +1,3 @@
-H5.o: \
-   H5.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5ACprivate.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Pprivate.h \
-   H5Ppublic.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h
-H5A.o: \
-   H5A.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Pprivate.h \
-   H5Ppublic.h
 H5AC.o: \
    H5AC.c \
    H5private.h \
@@ -91,43 +27,6 @@ H5B.o: \
    H5Eprivate.h \
    H5Epublic.h \
    H5MFprivate.h
-H5D.o: \
-   H5D.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5ACprivate.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5HLprivate.h \
-   H5HLpublic.h \
-   H5MFprivate.h \
-   H5MFpublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Pprivate.h
 H5E.o: \
    H5E.c \
    H5private.h \
@@ -135,38 +34,6 @@ H5E.o: \
    H5config.h \
    H5api_adpt.h \
    H5Iprivate.h
-H5F.o: \
-   H5F.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Aprivate.h \
-   H5Apublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5ACprivate.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h
 H5Farray.o: \
    H5Farray.c \
    H5private.h \
@@ -218,33 +85,18 @@ H5Ffamily.o: \
    H5Fprivate.h \
    H5Fpublic.h \
    H5Dpublic.h
-H5Fistore.o: \
-   H5Fistore.c \
+H5Flow.o: \
+   H5Flow.c \
    H5private.h \
    H5public.h \
    H5config.h \
    H5api_adpt.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
+   H5Eprivate.h \
+   H5Epublic.h \
    H5Ipublic.h \
    H5Fprivate.h \
    H5Fpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h
+   H5Dpublic.h
 H5Fmpio.o: \
    H5Fmpio.c \
    H5private.h \
@@ -308,43 +160,6 @@ H5Fstdio.o: \
    H5Fprivate.h \
    H5Fpublic.h \
    H5Dpublic.h
-H5G.o: \
-   H5G.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Aprivate.h \
-   H5Apublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Gpkg.h \
-   H5ACprivate.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5HLprivate.h \
-   H5HLpublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h
 H5Gent.o: \
    H5Gent.c \
    H5private.h \
@@ -465,13 +280,6 @@ H5HL.o: \
    H5HLprivate.h \
    H5HLpublic.h \
    H5MFprivate.h
-H5I.o: \
-   H5I.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h
 H5MF.o: \
    H5MF.c \
    H5private.h \
@@ -491,60 +299,6 @@ H5MM.o: \
    H5config.h \
    H5api_adpt.h \
    H5Eprivate.h
-H5O.o: \
-   H5O.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5ACprivate.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5MFprivate.h \
-   H5MFpublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h
-H5Oattr.o: \
-   H5Oattr.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h
 H5Ocomp.o: \
    H5Ocomp.c \
    H5private.h \
@@ -864,73 +618,20 @@ H5Ostab.o: \
    H5Sprivate.h \
    H5Spublic.h \
    H5Zprivate.h
-H5P.o: \
-   H5P.c \
+H5Sall.o: \
+   H5Sall.c \
    H5private.h \
    H5public.h \
    H5config.h \
    H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
+   H5Eprivate.h \
+   H5Epublic.h \
    H5Ipublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
    H5Sprivate.h \
    H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h
-H5R.o: \
-   H5R.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
    H5Fprivate.h \
    H5Fpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h
-H5RA.o: \
-   H5RA.c \
-   H5RAprivate.h \
-   H5RApublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Dprivate.h \
    H5Dpublic.h \
-   H5private.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
    H5Gprivate.h \
    H5Gpublic.h \
    H5Bprivate.h \
@@ -941,44 +642,11 @@ H5RA.o: \
    H5HGpublic.h \
    H5Tprivate.h \
    H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
    H5Zprivate.h \
    H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h
-H5S.o: \
-   H5S.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h
-H5Sall.o: \
-   H5Sall.c \
+   H5Vprivate.h
+H5Shyper.o: \
+   H5Shyper.c \
    H5private.h \
    H5public.h \
    H5config.h \
@@ -1107,38 +775,6 @@ H5Sselect.o: \
    H5HGpublic.h \
    H5Tprivate.h \
    H5Tpublic.h
-H5T.o: \
-   H5T.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Tpkg.h \
-   H5Rprivate.h
 H5Tbit.o: \
    H5Tbit.c \
    H5private.h \
@@ -1268,42 +904,416 @@ H5Z.o: \
    H5Sprivate.h \
    H5Spublic.h \
    H5Zprivate.h
-H5Flow.o: \
-   H5Flow.c \
+H5P.o: \
+   H5P.c \
    H5private.h \
    H5public.h \
    H5config.h \
    H5api_adpt.h \
+   H5Iprivate.h \
+   H5Ipublic.h \
+   H5Bprivate.h \
+   H5Bpublic.h \
+   H5Fprivate.h \
+   H5Fpublic.h \
+   H5Dpublic.h \
+   H5Dprivate.h \
+   H5Gprivate.h \
+   H5Gpublic.h \
+   H5Oprivate.h \
+   H5Opublic.h \
+   H5HGprivate.h \
+   H5HGpublic.h \
+   H5Tprivate.h \
+   H5Tpublic.h \
+   H5Sprivate.h \
+   H5Spublic.h \
+   H5Zprivate.h \
+   H5Zpublic.h \
+   H5Eprivate.h
+H5T.o: \
+   H5T.c \
+   H5private.h \
+   H5public.h \
+   H5config.h \
+   H5api_adpt.h \
+   H5Dprivate.h \
+   H5Dpublic.h \
+   H5Ipublic.h \
+   H5Fprivate.h \
+   H5Fpublic.h \
+   H5Gprivate.h \
+   H5Gpublic.h \
+   H5Bprivate.h \
+   H5Bpublic.h \
+   H5Iprivate.h \
+   H5Oprivate.h \
+   H5Opublic.h \
+   H5HGprivate.h \
+   H5HGpublic.h \
+   H5Tprivate.h \
+   H5Tpublic.h \
+   H5Sprivate.h \
+   H5Spublic.h \
+   H5Zprivate.h \
+   H5Zpublic.h \
    H5Eprivate.h \
    H5Epublic.h \
+   H5MMprivate.h \
+   H5MMpublic.h \
+   H5Tpkg.h \
+   H5Rprivate.h
+H5A.o: \
+   H5A.c \
+   H5private.h \
+   H5public.h \
+   H5config.h \
+   H5api_adpt.h \
+   H5Iprivate.h \
    H5Ipublic.h \
+   H5Bprivate.h \
+   H5Bpublic.h \
    H5Fprivate.h \
    H5Fpublic.h \
-   H5Dpublic.h
-H5Shyper.o: \
-   H5Shyper.c \
+   H5Dpublic.h \
+   H5Dprivate.h \
+   H5Gprivate.h \
+   H5Gpublic.h \
+   H5Oprivate.h \
+   H5Opublic.h \
+   H5HGprivate.h \
+   H5HGpublic.h \
+   H5Tprivate.h \
+   H5Tpublic.h \
+   H5Sprivate.h \
+   H5Spublic.h \
+   H5Zprivate.h \
+   H5Zpublic.h \
+   H5Eprivate.h \
+   H5Epublic.h \
+   H5MMprivate.h \
+   H5MMpublic.h \
+   H5Pprivate.h \
+   H5Ppublic.h
+H5D.o: \
+   H5D.c \
    H5private.h \
    H5public.h \
    H5config.h \
    H5api_adpt.h \
+   H5Iprivate.h \
+   H5Ipublic.h \
+   H5ACprivate.h \
+   H5ACpublic.h \
+   H5Fprivate.h \
+   H5Fpublic.h \
+   H5Dpublic.h \
+   H5Dprivate.h \
+   H5Gprivate.h \
+   H5Gpublic.h \
+   H5Bprivate.h \
+   H5Bpublic.h \
+   H5Oprivate.h \
+   H5Opublic.h \
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