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author | Quincey Koziol <koziol@hdfgroup.org> | 2003-05-07 21:52:24 (GMT) |
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committer | Quincey Koziol <koziol@hdfgroup.org> | 2003-05-07 21:52:24 (GMT) |
commit | 43e3b450214310728cbb6904211319a8459f06e4 (patch) | |
tree | 13cc61b9f713aa60fdcaf606665f03189689046d /src/Dependencies | |
parent | db543f1a23194e81d0a984c346398e72bf4be87f (diff) | |
download | hdf5-43e3b450214310728cbb6904211319a8459f06e4.zip hdf5-43e3b450214310728cbb6904211319a8459f06e4.tar.gz hdf5-43e3b450214310728cbb6904211319a8459f06e4.tar.bz2 |
[svn-r6825] Purpose:
New feature/enhancement
Description:
Chunked datasets are handled poorly in several circumstances involving
certain selections and chunks that are too large for the chunk cache and/or
chunks with filters, causing the chunk to be read from disk multiple times.
Solution:
Rearrange raw data I/O infrastructure to handle chunked datasets in a much
more friendly way by creating a selection in memory and on disk for each chunk
in a chunked dataset and performing all of the I/O on that chunk at one time.
There are still some scalability (the current code attempts to
create a selection for all the chunks in the dataset, instead of just the
chunks that are accessed, requiring portions of the istore.c and fillval.c
tests to be commented out) and performance issues, but checking this in will
allow the changes to be tested by a much wider audience while I address the
remaining issues.
Platforms tested:
h5committested, FreeBSD 4.8 (sleipnir) serial & parallel, Linux 2.4 (eirene)
Diffstat (limited to 'src/Dependencies')
-rw-r--r-- | src/Dependencies | 862 |
1 files changed, 406 insertions, 456 deletions
diff --git a/src/Dependencies b/src/Dependencies index 43961a9..b488a04 100644 --- a/src/Dependencies +++ b/src/Dependencies @@ -19,10 +19,6 @@ H5.lo: \ $(srcdir)/H5ACpublic.h \ $(srcdir)/H5Dprivate.h \ $(srcdir)/H5Dpublic.h \ - $(srcdir)/H5Gprivate.h \ - $(srcdir)/H5Gpublic.h \ - $(srcdir)/H5RSprivate.h \ - $(srcdir)/H5MMpublic.h \ $(srcdir)/H5Oprivate.h \ $(srcdir)/H5Opublic.h \ $(srcdir)/H5Spublic.h \ @@ -30,19 +26,23 @@ H5.lo: \ $(srcdir)/H5HGpublic.h \ $(srcdir)/H5Tprivate.h \ $(srcdir)/H5Tpublic.h \ + $(srcdir)/H5Gprivate.h \ + $(srcdir)/H5Gpublic.h \ + $(srcdir)/H5RSprivate.h \ $(srcdir)/H5Rprivate.h \ $(srcdir)/H5Rpublic.h \ $(srcdir)/H5Zprivate.h \ $(srcdir)/H5Zpublic.h \ - $(srcdir)/H5Sprivate.h \ - $(srcdir)/H5Pprivate.h \ - $(srcdir)/H5Ppublic.h \ $(srcdir)/H5Eprivate.h \ $(srcdir)/H5Epublic.h \ $(srcdir)/H5FDprivate.h \ $(srcdir)/H5FLprivate.h \ $(srcdir)/H5Iprivate.h \ $(srcdir)/H5MMprivate.h \ + $(srcdir)/H5MMpublic.h \ + $(srcdir)/H5Pprivate.h \ + $(srcdir)/H5Ppublic.h \ + $(srcdir)/H5Sprivate.h \ $(srcdir)/H5FDmpio.h H5A.lo: \ $(srcdir)/H5A.c \ @@ -104,12 +104,6 @@ H5AC.lo: \ $(srcdir)/H5FDpublic.h \ $(srcdir)/H5Dprivate.h \ $(srcdir)/H5Dpublic.h \ - $(srcdir)/H5Gprivate.h \ - $(srcdir)/H5Gpublic.h \ - $(srcdir)/H5Bprivate.h \ - $(srcdir)/H5Bpublic.h \ - $(srcdir)/H5RSprivate.h \ - $(srcdir)/H5MMpublic.h \ $(srcdir)/H5Oprivate.h \ $(srcdir)/H5Opublic.h \ $(srcdir)/H5Spublic.h \ @@ -117,13 +111,15 @@ H5AC.lo: \ $(srcdir)/H5HGpublic.h \ $(srcdir)/H5Tprivate.h \ $(srcdir)/H5Tpublic.h \ + $(srcdir)/H5Gprivate.h \ + $(srcdir)/H5Gpublic.h \ + $(srcdir)/H5Bprivate.h \ + $(srcdir)/H5Bpublic.h \ + $(srcdir)/H5RSprivate.h \ $(srcdir)/H5Rprivate.h \ $(srcdir)/H5Rpublic.h \ $(srcdir)/H5Zprivate.h \ $(srcdir)/H5Zpublic.h \ - $(srcdir)/H5Sprivate.h \ - $(srcdir)/H5Pprivate.h \ - $(srcdir)/H5Ppublic.h \ $(srcdir)/H5Eprivate.h \ $(srcdir)/H5Epublic.h \ $(srcdir)/H5Fpkg.h \ @@ -132,6 +128,9 @@ H5AC.lo: \ $(srcdir)/H5FLprivate.h \ $(srcdir)/H5Iprivate.h \ $(srcdir)/H5MMprivate.h \ + $(srcdir)/H5MMpublic.h \ + $(srcdir)/H5Pprivate.h \ + $(srcdir)/H5Ppublic.h \ $(srcdir)/H5FDfphdf5.h \ $(srcdir)/H5FDmpio.h \ $(srcdir)/H5FDmpiposix.h @@ -174,12 +173,20 @@ H5D.lo: \ $(srcdir)/H5api_adpt.h \ $(srcdir)/H5MPprivate.h \ $(srcdir)/H5FSprivate.h \ + $(srcdir)/H5Dpkg.h \ $(srcdir)/H5Dprivate.h \ $(srcdir)/H5Dpublic.h \ $(srcdir)/H5Ipublic.h \ + $(srcdir)/H5Oprivate.h \ + $(srcdir)/H5Opublic.h \ + $(srcdir)/H5Spublic.h \ + $(srcdir)/H5HGprivate.h \ + $(srcdir)/H5HGpublic.h \ $(srcdir)/H5Fprivate.h \ $(srcdir)/H5Fpublic.h \ $(srcdir)/H5FDpublic.h \ + $(srcdir)/H5Tprivate.h \ + $(srcdir)/H5Tpublic.h \ $(srcdir)/H5Gprivate.h \ $(srcdir)/H5Gpublic.h \ $(srcdir)/H5Bprivate.h \ @@ -187,14 +194,57 @@ H5D.lo: \ $(srcdir)/H5ACprivate.h \ $(srcdir)/H5ACpublic.h \ $(srcdir)/H5RSprivate.h \ + $(srcdir)/H5Rprivate.h \ + $(srcdir)/H5Rpublic.h \ + $(srcdir)/H5Zprivate.h \ + $(srcdir)/H5Zpublic.h \ + $(srcdir)/H5Sprivate.h \ + $(srcdir)/H5Pprivate.h \ + $(srcdir)/H5Ppublic.h \ $(srcdir)/H5MMpublic.h \ + $(srcdir)/H5Eprivate.h \ + $(srcdir)/H5Epublic.h \ + $(srcdir)/H5FDprivate.h \ + $(srcdir)/H5FLprivate.h \ + $(srcdir)/H5FOprivate.h \ + $(srcdir)/H5TBprivate.h \ + $(srcdir)/H5HLprivate.h \ + $(srcdir)/H5HLpublic.h \ + $(srcdir)/H5Iprivate.h \ + $(srcdir)/H5MMprivate.h \ + $(srcdir)/H5Vprivate.h \ + $(srcdir)/H5FDfphdf5.h \ + $(srcdir)/H5FDmpio.h \ + $(srcdir)/H5FDmpiposix.h +H5Dio.lo: \ + $(srcdir)/H5Dio.c \ + $(srcdir)/H5private.h \ + $(srcdir)/H5public.h \ + H5pubconf.h \ + $(srcdir)/H5api_adpt.h \ + $(srcdir)/H5MPprivate.h \ + $(srcdir)/H5FSprivate.h \ + $(srcdir)/H5Dpkg.h \ + $(srcdir)/H5Dprivate.h \ + $(srcdir)/H5Dpublic.h \ + $(srcdir)/H5Ipublic.h \ $(srcdir)/H5Oprivate.h \ $(srcdir)/H5Opublic.h \ $(srcdir)/H5Spublic.h \ $(srcdir)/H5HGprivate.h \ $(srcdir)/H5HGpublic.h \ + $(srcdir)/H5Fprivate.h \ + $(srcdir)/H5Fpublic.h \ + $(srcdir)/H5FDpublic.h \ $(srcdir)/H5Tprivate.h \ $(srcdir)/H5Tpublic.h \ + $(srcdir)/H5Gprivate.h \ + $(srcdir)/H5Gpublic.h \ + $(srcdir)/H5Bprivate.h \ + $(srcdir)/H5Bpublic.h \ + $(srcdir)/H5ACprivate.h \ + $(srcdir)/H5ACpublic.h \ + $(srcdir)/H5RSprivate.h \ $(srcdir)/H5Rprivate.h \ $(srcdir)/H5Rpublic.h \ $(srcdir)/H5Zprivate.h \ @@ -202,18 +252,12 @@ H5D.lo: \ $(srcdir)/H5Sprivate.h \ $(srcdir)/H5Pprivate.h \ $(srcdir)/H5Ppublic.h \ + $(srcdir)/H5MMpublic.h \ $(srcdir)/H5Eprivate.h \ $(srcdir)/H5Epublic.h \ - 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$(srcdir)/H5FLprivate.h + $(srcdir)/H5FLprivate.h \ + $(srcdir)/H5Vprivate.h H5Fistore.lo: \ $(srcdir)/H5Fistore.c \ $(srcdir)/H5private.h \ @@ -441,10 +440,6 @@ H5Fistore.lo: \ $(srcdir)/H5ACpublic.h \ $(srcdir)/H5Dprivate.h \ $(srcdir)/H5Dpublic.h \ - $(srcdir)/H5Gprivate.h \ - $(srcdir)/H5Gpublic.h \ - $(srcdir)/H5RSprivate.h \ - $(srcdir)/H5MMpublic.h \ $(srcdir)/H5Oprivate.h \ $(srcdir)/H5Opublic.h \ $(srcdir)/H5Spublic.h \ @@ -452,13 +447,13 @@ H5Fistore.lo: \ $(srcdir)/H5HGpublic.h \ $(srcdir)/H5Tprivate.h \ $(srcdir)/H5Tpublic.h \ + $(srcdir)/H5Gprivate.h \ + $(srcdir)/H5Gpublic.h \ + $(srcdir)/H5RSprivate.h \ $(srcdir)/H5Rprivate.h \ $(srcdir)/H5Rpublic.h \ $(srcdir)/H5Zprivate.h \ $(srcdir)/H5Zpublic.h \ - $(srcdir)/H5Sprivate.h \ - $(srcdir)/H5Pprivate.h \ - $(srcdir)/H5Ppublic.h \ $(srcdir)/H5Eprivate.h \ $(srcdir)/H5Epublic.h \ $(srcdir)/H5Fpkg.h \ @@ -469,6 +464,10 @@ H5Fistore.lo: \ $(srcdir)/H5MFprivate.h \ $(srcdir)/H5FDprivate.h \ $(srcdir)/H5MMprivate.h \ + $(srcdir)/H5MMpublic.h \ + $(srcdir)/H5Pprivate.h \ + $(srcdir)/H5Ppublic.h \ + $(srcdir)/H5Sprivate.h \ $(srcdir)/H5Vprivate.h \ $(srcdir)/H5FDfphdf5.h \ $(srcdir)/H5FDmpio.h \ @@ -484,9 +483,16 @@ H5Fseq.lo: \ $(srcdir)/H5Dprivate.h \ $(srcdir)/H5Dpublic.h \ $(srcdir)/H5Ipublic.h \ + $(srcdir)/H5Oprivate.h \ + $(srcdir)/H5Opublic.h \ + $(srcdir)/H5Spublic.h \ + $(srcdir)/H5HGprivate.h \ + $(srcdir)/H5HGpublic.h \ $(srcdir)/H5Fprivate.h \ $(srcdir)/H5Fpublic.h \ $(srcdir)/H5FDpublic.h \ + $(srcdir)/H5Tprivate.h \ + $(srcdir)/H5Tpublic.h \ $(srcdir)/H5Gprivate.h \ $(srcdir)/H5Gpublic.h \ $(srcdir)/H5Bprivate.h \ @@ -494,21 +500,10 @@ H5Fseq.lo: \ $(srcdir)/H5ACprivate.h \ $(srcdir)/H5ACpublic.h \ $(srcdir)/H5RSprivate.h \ - $(srcdir)/H5MMpublic.h \ - $(srcdir)/H5Oprivate.h \ - $(srcdir)/H5Opublic.h \ - $(srcdir)/H5Spublic.h \ - $(srcdir)/H5HGprivate.h \ - $(srcdir)/H5HGpublic.h \ - $(srcdir)/H5Tprivate.h \ - $(srcdir)/H5Tpublic.h \ $(srcdir)/H5Rprivate.h \ $(srcdir)/H5Rpublic.h \ $(srcdir)/H5Zprivate.h \ $(srcdir)/H5Zpublic.h \ - $(srcdir)/H5Sprivate.h \ - $(srcdir)/H5Pprivate.h \ - $(srcdir)/H5Ppublic.h \ $(srcdir)/H5Eprivate.h \ $(srcdir)/H5Epublic.h \ $(srcdir)/H5Fpkg.h \ @@ -518,6 +513,9 @@ H5Fseq.lo: \ $(srcdir)/H5Iprivate.h \ $(srcdir)/H5MFprivate.h \ $(srcdir)/H5MMprivate.h \ + $(srcdir)/H5MMpublic.h \ + $(srcdir)/H5Pprivate.h \ + $(srcdir)/H5Ppublic.h \ $(srcdir)/H5Vprivate.h \ $(srcdir)/H5FDmpio.h \ $(srcdir)/H5FDmpiposix.h @@ -532,9 +530,16 @@ H5FD.lo: \ $(srcdir)/H5Dprivate.h \ $(srcdir)/H5Dpublic.h \ $(srcdir)/H5Ipublic.h \ + $(srcdir)/H5Oprivate.h \ + $(srcdir)/H5Opublic.h \ + $(srcdir)/H5Spublic.h \ + $(srcdir)/H5HGprivate.h \ + $(srcdir)/H5HGpublic.h \ $(srcdir)/H5Fprivate.h \ $(srcdir)/H5Fpublic.h \ $(srcdir)/H5FDpublic.h \ + $(srcdir)/H5Tprivate.h \ + $(srcdir)/H5Tpublic.h \ $(srcdir)/H5Gprivate.h \ $(srcdir)/H5Gpublic.h \ $(srcdir)/H5Bprivate.h \ @@ -542,21 +547,10 @@ H5FD.lo: \ $(srcdir)/H5ACprivate.h \ $(srcdir)/H5ACpublic.h \ $(srcdir)/H5RSprivate.h \ - 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$(srcdir)/H5MMpublic.h \ $(srcdir)/H5Oprivate.h \ $(srcdir)/H5Opublic.h \ $(srcdir)/H5Spublic.h \ @@ -641,20 +632,25 @@ H5FDfphdf5.lo: \ $(srcdir)/H5HGpublic.h \ $(srcdir)/H5Tprivate.h \ $(srcdir)/H5Tpublic.h \ + $(srcdir)/H5Gprivate.h \ + $(srcdir)/H5Gpublic.h \ + $(srcdir)/H5Bprivate.h \ + $(srcdir)/H5Bpublic.h \ + $(srcdir)/H5RSprivate.h \ $(srcdir)/H5Rprivate.h \ $(srcdir)/H5Rpublic.h \ $(srcdir)/H5Zprivate.h \ $(srcdir)/H5Zpublic.h \ - $(srcdir)/H5Sprivate.h \ - $(srcdir)/H5Pprivate.h \ - $(srcdir)/H5Ppublic.h \ $(srcdir)/H5Eprivate.h \ $(srcdir)/H5Epublic.h \ $(srcdir)/H5FDprivate.h \ $(srcdir)/H5FDfphdf5.h \ $(srcdir)/H5FDmpio.h \ $(srcdir)/H5Iprivate.h \ - $(srcdir)/H5MMprivate.h + $(srcdir)/H5MMprivate.h \ + $(srcdir)/H5MMpublic.h \ + $(srcdir)/H5Pprivate.h \ + $(srcdir)/H5Ppublic.h H5FDgass.lo: \ $(srcdir)/H5FDgass.c \ $(srcdir)/H5private.h \ @@ -718,12 +714,6 @@ H5FDmpio.lo: \ $(srcdir)/H5FDpublic.h \ $(srcdir)/H5Dprivate.h \ $(srcdir)/H5Dpublic.h \ - $(srcdir)/H5Gprivate.h \ - 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