[svn-r1619] ./src/H5O.c [1.2, 1.3]

	Fixed a read-uninitialized-memory error that resulted in the
	file containing small amounts (<8 bytes each) of uninitialized
	data. These padding areas (which are never read by hdf5) are
	initialized to zero now.

./MANIFEST
./src/H5Z.c
./src/H5Zdeflate.c			[NEW]
./src/H5Zprivate.h
./src/H5Zpublic.h
./src/Makefile.in
	The zlib filter was moved to a separate file but is still
	automatically defined.

7 files changed, 222 insertions, 1296 deletions

diff --git a/src/.distdep b/src/.distdep
index 2e5e4ea..1e24282 100644
--- a/src/.distdep
+++ b/src/.distdep
@@ -149,7 +149,7 @@ H5E.lo: \
    H5Eprivate.h
 H5F.lo: \
    H5F.c \
-   H5FDsec2.h \
+   H5FDcore.h \
    H5Ipublic.h \
    H5public.h \
    H5config.h \
@@ -157,6 +157,8 @@ H5F.lo: \
    H5FDfamily.h \
    H5FDmpio.h \
    H5FDpublic.h \
+   H5FDmulti.h \
+   H5FDsec2.h \
    H5private.h \
    H5Aprivate.h \
    H5Apublic.h \
@@ -301,7 +303,8 @@ H5FDsec2.lo: \
    H5FDcore.h \
    H5FDfamily.h \
    H5FDmpio.h \
-   H5FDsec2.h
+   H5FDsec2.h \
+   H5FDmulti.h
 H5FDfamily.lo: \
    H5FDfamily.c \
    hdf5.h \
@@ -326,7 +329,12 @@ H5FDfamily.lo: \
    H5Rpublic.h \
    H5RApublic.h \
    H5Spublic.h \
-   H5Tpublic.h
+   H5Tpublic.h \
+   H5FDcore.h \
+   H5FDfamily.h \
+   H5FDmpio.h \
+   H5FDsec2.h \
+   H5FDmulti.h
 H5FDmpio.lo: \
    H5FDmpio.c \
    hdf5.h \
@@ -351,7 +359,12 @@ H5FDmpio.lo: \
    H5Rpublic.h \
    H5RApublic.h \
    H5Spublic.h \
-   H5Tpublic.h
+   H5Tpublic.h \
+   H5FDcore.h \
+   H5FDfamily.h \
+   H5FDmpio.h \
+   H5FDsec2.h \
+   H5FDmulti.h
 H5FDcore.lo: \
    H5FDcore.c \
    hdf5.h \
@@ -376,7 +389,42 @@ H5FDcore.lo: \
    H5Rpublic.h \
    H5RApublic.h \
    H5Spublic.h \
-   H5Tpublic.h
+   H5Tpublic.h \
+   H5FDcore.h \
+   H5FDfamily.h \
+   H5FDmpio.h \
+   H5FDsec2.h \
+   H5FDmulti.h
+H5FDmulti.lo: \
+   H5FDmulti.c \
+   hdf5.h \
+   H5public.h \
+   H5config.h \
+   H5api_adpt.h \
+   H5Ipublic.h \
+   H5Apublic.h \
+   H5ACpublic.h \
+   H5Bpublic.h \
+   H5Dpublic.h \
+   H5Epublic.h \
+   H5Fpublic.h \
+   H5FDpublic.h \
+   H5Gpublic.h \
+   H5HGpublic.h \
+   H5HLpublic.h \
+   H5MMpublic.h \
+   H5Opublic.h \
+   H5Ppublic.h \
+   H5Zpublic.h \
+   H5Rpublic.h \
+   H5RApublic.h \
+   H5Spublic.h \
+   H5Tpublic.h \
+   H5FDcore.h \
+   H5FDfamily.h \
+   H5FDmpio.h \
+   H5FDsec2.h \
+   H5FDmulti.h
 H5G.lo: \
    H5G.c \
    H5private.h \
@@ -1490,1145 +1538,3 @@ H5Z.lo: \
    H5Dpublic.h \
    H5Zprivate.h \
    H5Zpublic.h
-H5.lo: \
-   H5.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5ACprivate.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5FDprivate.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5Pprivate.h \
-   H5Ppublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h
-H5D.lo: \
-   H5D.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5ACprivate.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5HLprivate.h \
-   H5HLpublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5Pprivate.h \
-   H5Ppublic.h
-H5F.lo: \
-   H5F.c \
-   H5FDsec2.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5FDfamily.h \
-   H5FDmpio.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5private.h \
-   H5Aprivate.h \
-   H5Apublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5ACprivate.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h
-H5Fistore.lo: \
-   H5Fistore.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MFprivate.h \
-   H5MMprivate.h
-H5FD.lo: \
-   H5FD.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5FDprivate.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5Pprivate.h \
-   H5Ppublic.h \
-   H5Dpublic.h
-H5FDsec2.lo: \
-   H5FDsec2.c \
-   hdf5.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Apublic.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5HLpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5Ppublic.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5RApublic.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5FDcore.h \
-   H5FDfamily.h \
-   H5FDmpio.h \
-   H5FDsec2.h \
-   H5FDmulti.h
-H5FDfamily.lo: \
-   H5FDfamily.c \
-   hdf5.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
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-   H5ACpublic.h \
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-   H5Dpublic.h \
-   H5Epublic.h \
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-   H5FDpublic.h \
-   H5Gpublic.h \
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-   H5HLpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5Ppublic.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5RApublic.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Tpublic.h \
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-   H5FDfamily.h \
-   H5FDmpio.h \
-   H5FDsec2.h \
-   H5FDmulti.h
-H5FDmpio.lo: \
-   H5FDmpio.c \
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-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Apublic.h \
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-   H5HGpublic.h \
-   H5HLpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5Ppublic.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5RApublic.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5FDcore.h \
-   H5FDfamily.h \
-   H5FDmpio.h \
-   H5FDsec2.h \
-   H5FDmulti.h
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-   H5FDcore.c \
-   hdf5.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Apublic.h \
-   H5ACpublic.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5HLpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5Ppublic.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5RApublic.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5FDcore.h \
-   H5FDfamily.h \
-   H5FDmpio.h \
-   H5FDsec2.h \
-   H5FDmulti.h
-H5I.lo: \
-   H5I.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Eprivate.h
-H5Oattr.lo: \
-   H5Oattr.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Dpublic.h
-H5Odtype.lo: \
-   H5Odtype.c \
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-   H5public.h \
-   H5config.h \
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-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Dpublic.h
-H5P.lo: \
-   H5P.c \
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-   H5Bpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
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-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5FDprivate.h \
-   H5MMprivate.h
-H5R.lo: \
-   H5R.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
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-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h
-H5Sall.lo: \
-   H5Sall.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
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-   H5Iprivate.h \
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-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
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-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
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-   H5Opublic.h \
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-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h
-H5Shyper.lo: \
-   H5Shyper.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5Pprivate.h
-H5Snone.lo: \
-   H5Snone.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h
-H5Spoint.lo: \
-   H5Spoint.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h
-H5Sselect.lo: \
-   H5Sselect.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
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-   H5Dpublic.h \
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-   H5Opublic.h \
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-   H5Smpio.c \
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-H5Spoint.lo: \
-   H5Spoint.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
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-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
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-   H5Gprivate.h \
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-   H5Bpublic.h \
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-   H5Opublic.h \
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-   H5Rprivate.h
-H5Sselect.lo: \
-   H5Sselect.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
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-   H5MMprivate.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h
-H5T.lo: \
-   H5T.c \
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-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Dprivate.h \
-   H5Dpublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h \
-   H5Bprivate.h \
-   H5Bpublic.h \
-   H5Oprivate.h \
-   H5Opublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Sprivate.h \
-   H5Spublic.h \
-   H5Zprivate.h \
-   H5Zpublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5Pprivate.h
-H5Tvlen.lo: \
-   H5Tvlen.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Eprivate.h \
-   H5Epublic.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5HGprivate.h \
-   H5HGpublic.h \
-   H5Fprivate.h \
-   H5Fpublic.h \
-   H5FDpublic.h \
-   H5MMpublic.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5MMprivate.h \
-   H5Tpkg.h \
-   H5Rprivate.h \
-   H5Rpublic.h \
-   H5Tprivate.h \
-   H5Tpublic.h \
-   H5Gprivate.h \
-   H5Gpublic.h
-H5TB.lo: \
-   H5TB.c \
-   H5private.h \
-   H5public.h \
-   H5config.h \
-   H5api_adpt.h \
-   H5Iprivate.h \
-   H5Ipublic.h \
-   H5Eprivate.h
diff --git a/src/H5O.c b/src/H5O.c
index 5a8169d..b289bd4 100644
--- a/src/H5O.c
+++ b/src/H5O.c
@@ -1285,7 +1285,6 @@ H5O_modify(H5G_entry_t *ent, const H5O_class_t *type, intn overwrite,
 			     "object header message is too large (16k max)");
 	    }
 	}
-	size = H5O_ALIGN(size);
 	idx = H5O_alloc(ent->file, oh, type, size);
 	if (idx < 0) {
 	    HGOTO_ERROR(H5E_OHDR, H5E_CANTINIT, FAIL,
@@ -1371,7 +1370,6 @@ H5O_touch_oh(H5F_t *f, H5O_t *oh, hbool_t force)
     if (idx==oh->nmesgs) {
 	if (!force) HRETURN(SUCCEED); /*nothing to do*/
 	size = (H5O_MTIME->raw_size)(f, &now);
-	size = H5O_ALIGN(size);
 	if ((idx=H5O_alloc(f, oh, H5O_MTIME, size))<0) {
 	    HRETURN_ERROR(H5E_OHDR, H5E_CANTINIT, FAIL,
 			  "unable to allocate space for modification time "
@@ -1571,7 +1569,7 @@ H5O_remove(H5G_entry_t *ent, const H5O_class_t *type, intn sequence)
  *
  * Purpose:	Extends a chunk which hasn't been allocated on disk yet
  *		to make the chunk large enough to contain a message whose
- *		data size is at least SIZE bytes.
+ *		data size is exactly SIZE bytes (SIZE need not be aligned).
  *
  *		If the last message of the chunk is the null message, then
  *		that message will be extended with the chunk.  Otherwise a
@@ -1598,7 +1596,8 @@ static intn
 H5O_alloc_extend_chunk(H5O_t *oh, intn chunkno, size_t size)
 {
     intn	idx, i;
-    size_t	delta, padding;
+    size_t	delta, old_size;
+    size_t	aligned_size = H5O_ALIGN(size);
     uint8_t	*old_addr;
 
     FUNC_ENTER(H5O_alloc_extend_chunk, FAIL);
@@ -1607,7 +1606,6 @@ H5O_alloc_extend_chunk(H5O_t *oh, intn chunkno, size_t size)
     assert(oh);
     assert(chunkno >= 0 && chunkno < oh->nchunks);
     assert(size > 0);
-    assert (size==H5O_ALIGN (size));
 
     if (H5F_addr_defined(oh->chunk[chunkno].addr)) {
 	HRETURN_ERROR(H5E_OHDR, H5E_NOSPACE, FAIL, "chunk is on disk");
@@ -1619,7 +1617,7 @@ H5O_alloc_extend_chunk(H5O_t *oh, intn chunkno, size_t size)
 	    (oh->mesg[idx].raw + oh->mesg[idx].raw_size ==
 	     oh->chunk[chunkno].image + oh->chunk[chunkno].size)) {
 
-	    delta = MAX (H5O_MIN_SIZE, size - oh->mesg[idx].raw_size);
+	    delta = MAX (H5O_MIN_SIZE, aligned_size - oh->mesg[idx].raw_size);
 	    assert (delta=H5O_ALIGN (delta));
 	    oh->mesg[idx].dirty = TRUE;
 	    oh->mesg[idx].raw_size += delta;
@@ -1662,8 +1660,7 @@ H5O_alloc_extend_chunk(H5O_t *oh, intn chunkno, size_t size)
 	oh->alloc_nmesgs = (intn)na;
 	oh->mesg = x;
     }
-    delta = MAX(H5O_MIN_SIZE, size+H5O_SIZEOF_MSGHDR(f));
-    padding = H5O_ALIGN(delta) - delta;
+    delta = MAX(H5O_MIN_SIZE, aligned_size+H5O_SIZEOF_MSGHDR(f));
     delta = H5O_ALIGN(delta);
     idx = oh->nmesgs++;
     oh->mesg[idx].type = H5O_NULL;
@@ -1676,6 +1673,7 @@ H5O_alloc_extend_chunk(H5O_t *oh, intn chunkno, size_t size)
     oh->mesg[idx].chunkno = chunkno;
 
     old_addr = oh->chunk[chunkno].image;
+    old_size = oh->chunk[chunkno].size;
     oh->chunk[chunkno].size += delta;
     oh->chunk[chunkno].image = H5MM_realloc(old_addr,
 					    oh->chunk[chunkno].size);
@@ -1683,8 +1681,8 @@ H5O_alloc_extend_chunk(H5O_t *oh, intn chunkno, size_t size)
 	HRETURN_ERROR (H5E_RESOURCE, H5E_NOSPACE, FAIL,
 		       "memory allocation failed");
     }
-    HDmemset(oh->chunk[chunkno].image+oh->chunk[chunkno].size-padding,
-	     0, padding);
+    HDmemset(oh->chunk[chunkno].image+old_size, 0,
+	     oh->chunk[chunkno].size - old_size);
     
     /* adjust raw addresses for messages of this chunk */
     if (old_addr != oh->chunk[chunkno].image) {
@@ -1709,6 +1707,8 @@ H5O_alloc_extend_chunk(H5O_t *oh, intn chunkno, size_t size)
  *		message, then some message from another chunk is moved into
  *		this chunk to make room.
  *
+ * 		SIZE need not be aligned.
+ *
  * Return:	Success:	Index number of the null message for the
  *				new chunk.  The null message will be at
  *				least SIZE bytes not counting the message
@@ -1740,7 +1740,7 @@ H5O_alloc_new_chunk(H5F_t *f, H5O_t *oh, size_t size)
     /* check args */
     assert (oh);
     assert (size > 0);
-    assert (size == H5O_ALIGN (size));
+    size = H5O_ALIGN(size);
 
     /*
      * Find the smallest null message that will hold an object
@@ -1916,18 +1916,18 @@ H5O_alloc(H5F_t *f, H5O_t *oh, const H5O_class_t *type, size_t size)
     intn	chunkno;
     intn	idx;
     intn	null_idx;
+    size_t	aligned_size = H5O_ALIGN(size);
 
     FUNC_ENTER(H5O_alloc, FAIL);
 
     /* check args */
     assert (oh);
     assert (type);
-    assert (size == H5O_ALIGN (size));
 
     /* look for a null message which is large enough */
     for (idx = 0; idx < oh->nmesgs; idx++) {
 	if (H5O_NULL_ID == oh->mesg[idx].type->id &&
-	    oh->mesg[idx].raw_size >= size)
+	    oh->mesg[idx].raw_size >= aligned_size)
 	    break;
     }
 
@@ -1966,8 +1966,8 @@ H5O_alloc(H5F_t *f, H5O_t *oh, const H5O_class_t *type, size_t size)
     }
 
     /* do we need to split the null message? */
-    if (oh->mesg[idx].raw_size > size) {
-	assert(oh->mesg[idx].raw_size - size >= H5O_SIZEOF_MSGHDR(f));
+    if (oh->mesg[idx].raw_size > aligned_size) {
+	assert(oh->mesg[idx].raw_size - aligned_size >= H5O_SIZEOF_MSGHDR(f));
 
 	if (oh->nmesgs >= oh->alloc_nmesgs) {
 	    int old_alloc=oh->alloc_nmesgs;
@@ -1989,12 +1989,12 @@ H5O_alloc(H5F_t *f, H5O_t *oh, const H5O_class_t *type, size_t size)
 	oh->mesg[null_idx].dirty = TRUE;
 	oh->mesg[null_idx].native = NULL;
 	oh->mesg[null_idx].raw = oh->mesg[idx].raw +
-				 size +
+				 aligned_size +
 				 H5O_SIZEOF_MSGHDR(f);
 	oh->mesg[null_idx].raw_size = oh->mesg[idx].raw_size -
-				      (size + H5O_SIZEOF_MSGHDR(f));
+				      (aligned_size + H5O_SIZEOF_MSGHDR(f));
 	oh->mesg[null_idx].chunkno = oh->mesg[idx].chunkno;
-	oh->mesg[idx].raw_size = size;
+	oh->mesg[idx].raw_size = aligned_size;
     }
 
     /* initialize the new message */
diff --git a/src/H5Z.c b/src/H5Z.c
index f5cd902..990ec2a 100644
--- a/src/H5Z.c
+++ b/src/H5Z.c
@@ -13,10 +13,6 @@
 #include <H5Oprivate.h>
 #include <H5Zprivate.h>
 
-#ifdef HAVE_ZLIB_H
-#   include <zlib.h>
-#endif
-
 /* Interface initialization */
 #define PABLO_MASK	H5Z_mask
 #define INTERFACE_INIT H5Z_init_interface
@@ -27,10 +23,6 @@ static size_t		H5Z_table_alloc_g = 0;
 static size_t		H5Z_table_used_g = 0;
 static H5Z_class_t	*H5Z_table_g = NULL;
 
-/* Predefined filters */
-static size_t H5Z_filter_deflate(uintn flags, size_t cd_nelmts,
-				 const uintn cd_values[], size_t nbytes,
-				 size_t *buf_size, void **buf);
 
 
 /*-------------------------------------------------------------------------
@@ -479,125 +471,3 @@ H5Z_pipeline(H5F_t UNUSED *f, const H5O_pline_t *pline, uintn flags,
     FUNC_LEAVE(SUCCEED);
 }
 
-
-/*-------------------------------------------------------------------------
- * Function:	H5Z_filter_deflate
- *
- * Purpose:	
- *
- * Return:	Success:	
- *
- *		Failure:	
- *
- * Programmer:	Robb Matzke
- *              Thursday, April 16, 1998
- *
- * Modifications:
- *
- *-------------------------------------------------------------------------
- */
-static size_t
-H5Z_filter_deflate (uintn flags, size_t cd_nelmts, const uintn cd_values[],
-		    size_t nbytes, size_t *buf_size, void **buf)
-{
-    size_t	ret_value = 0;
-    void	*outbuf = NULL;
-#if defined(HAVE_COMPRESS2)
-    int		aggression = 6;
-    int		status;
-#endif
-    
-    FUNC_ENTER (H5Z_filter_deflate, 0);
-
-    /* Check arguments */
-    if (cd_nelmts!=1 || cd_values[0]>9) {
-	HGOTO_ERROR(H5E_ARGS, H5E_BADVALUE, 0,
-		    "invalid deflate aggression level");
-    }
-
-#if defined(HAVE_COMPRESS2)
-    aggression = cd_values[0];
-    if (flags & H5Z_FLAG_REVERSE) {
-	/* Input; uncompress */
-	z_stream	z_strm;
-	size_t		nalloc = *buf_size;
-
-	if (NULL==(outbuf = H5MM_malloc(nalloc))) {
-	    HGOTO_ERROR(H5E_RESOURCE, H5E_NOSPACE, 0,
-			"memory allocation failed for deflate uncompression");
-	}
-	HDmemset(&z_strm, 0, sizeof(z_strm));
-	z_strm.next_in = *buf;
-	z_strm.avail_in = nbytes;
-	z_strm.next_out = outbuf;
-	z_strm.avail_out = nalloc;
-	if (Z_OK!=inflateInit(&z_strm)) {
-	    HGOTO_ERROR(H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "inflateInit() failed");
-	}
-	while (1) {
-	    status = inflate(&z_strm, Z_SYNC_FLUSH);
-	    if (Z_STREAM_END==status) break;	/*done*/
-	    if (Z_OK!=status) {
-		inflateEnd(&z_strm);
-		HGOTO_ERROR(H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "inflate() failed");
-	    }
-	    if (Z_OK==status && 0==z_strm.avail_out) {
-		nalloc *= 2;
-		if (NULL==(outbuf = H5MM_realloc(outbuf, nalloc))) {
-		    inflateEnd(&z_strm);
-		    HGOTO_ERROR(H5E_RESOURCE, H5E_NOSPACE, 0,
-				"memory allocation failed for deflate "
-				"uncompression");
-		}
-		z_strm.next_out = (char*)outbuf + z_strm.total_out;
-		z_strm.avail_out = nalloc - z_strm.total_out;
-	    }
-	}
-	
-	H5MM_xfree(*buf);
-	*buf = outbuf;
-	outbuf = NULL;
-	*buf_size = nalloc;
-	ret_value = z_strm.total_out;
-	inflateEnd(&z_strm);
-	
-    } else {
-	/*
-	 * Output; compress but fail if the result would be larger than the
-	 * input.  The library doesn't provide in-place compression, so we
-	 * must allocate a separate buffer for the result.
-	 */
-	const Bytef	*z_src = (const Bytef*)(*buf);
-	Bytef		*z_dst;		/*destination buffer		*/
-	uLongf		z_dst_nbytes = (uLongf)nbytes;
-	uLong		z_src_nbytes = (uLong)nbytes;
-
-	if (NULL==(z_dst=outbuf=H5MM_malloc(nbytes))) {
-	    HGOTO_ERROR(H5E_RESOURCE, H5E_NOSPACE, 0,
-			"unable to allocate deflate destination buffer");
-	}
-	status = compress2 (z_dst, &z_dst_nbytes, z_src, z_src_nbytes,
-			    aggression);
-	if (Z_BUF_ERROR==status) {
-	    HGOTO_ERROR(H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "overflow");
-	} else if (Z_MEM_ERROR==status) {
-	    HGOTO_ERROR (H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "deflate memory error");
-	} else if (Z_OK!=status) {
-	    HGOTO_ERROR (H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "deflate error");
-	} else {
-	    H5MM_xfree(*buf);
-	    *buf = outbuf;
-	    outbuf = NULL;
-	    *buf_size = nbytes;
-	    ret_value = z_dst_nbytes;
-	}
-    }
-#else
-    HGOTO_ERROR (H5E_PLINE, H5E_UNSUPPORTED, 0,
-		 "hdf5 was not compiled with zlib-1.0.2 or better");
-#endif
-
- done:
-    H5MM_xfree(outbuf);
-    FUNC_LEAVE (ret_value);
-}
diff --git a/src/H5Zdeflate.c b/src/H5Zdeflate.c
new file mode 100644
index 0000000..1d3928a
--- /dev/null
+++ b/src/H5Zdeflate.c
@@ -0,0 +1,144 @@
+/*
+ * Copyright © 1999 NCSA
+ *                  All rights reserved.
+ *
+ * Programmer:  Robb Matzke <matzke@llnl.gov>
+ *              Friday, August 27, 1999
+ */
+#include <H5private.h>
+#include <H5Eprivate.h>
+#include <H5MMprivate.h>
+#include <H5Zprivate.h>
+
+#ifdef HAVE_ZLIB_H
+#   include <zlib.h>
+#endif
+
+/* Interface initialization */
+#define PABLO_MASK	H5Z_deflate_mask
+#define INTERFACE_INIT	NULL
+static intn interface_initialize_g = 0;
+
+
+/*-------------------------------------------------------------------------
+ * Function:	H5Z_filter_deflate
+ *
+ * Purpose:	
+ *
+ * Return:	Success:	
+ *
+ *		Failure:	
+ *
+ * Programmer:	Robb Matzke
+ *              Thursday, April 16, 1998
+ *
+ * Modifications:
+ *
+ *-------------------------------------------------------------------------
+ */
+size_t
+H5Z_filter_deflate (unsigned flags, size_t cd_nelmts,
+		    const unsigned cd_values[], size_t nbytes,
+		    size_t *buf_size, void **buf)
+{
+    size_t	ret_value = 0;
+    void	*outbuf = NULL;
+#if defined(HAVE_COMPRESS2)
+    int		aggression = 6;
+    int		status;
+#endif
+    
+    FUNC_ENTER (H5Z_filter_deflate, 0);
+
+    /* Check arguments */
+    if (cd_nelmts!=1 || cd_values[0]>9) {
+	HGOTO_ERROR(H5E_ARGS, H5E_BADVALUE, 0,
+		    "invalid deflate aggression level");
+    }
+
+#if defined(HAVE_COMPRESS2)
+    aggression = cd_values[0];
+    if (flags & H5Z_FLAG_REVERSE) {
+	/* Input; uncompress */
+	z_stream	z_strm;
+	size_t		nalloc = *buf_size;
+
+	if (NULL==(outbuf = H5MM_malloc(nalloc))) {
+	    HGOTO_ERROR(H5E_RESOURCE, H5E_NOSPACE, 0,
+			"memory allocation failed for deflate uncompression");
+	}
+	HDmemset(&z_strm, 0, sizeof(z_strm));
+	z_strm.next_in = *buf;
+	z_strm.avail_in = nbytes;
+	z_strm.next_out = outbuf;
+	z_strm.avail_out = nalloc;
+	if (Z_OK!=inflateInit(&z_strm)) {
+	    HGOTO_ERROR(H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "inflateInit() failed");
+	}
+	while (1) {
+	    status = inflate(&z_strm, Z_SYNC_FLUSH);
+	    if (Z_STREAM_END==status) break;	/*done*/
+	    if (Z_OK!=status) {
+		inflateEnd(&z_strm);
+		HGOTO_ERROR(H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "inflate() failed");
+	    }
+	    if (Z_OK==status && 0==z_strm.avail_out) {
+		nalloc *= 2;
+		if (NULL==(outbuf = H5MM_realloc(outbuf, nalloc))) {
+		    inflateEnd(&z_strm);
+		    HGOTO_ERROR(H5E_RESOURCE, H5E_NOSPACE, 0,
+				"memory allocation failed for deflate "
+				"uncompression");
+		}
+		z_strm.next_out = (char*)outbuf + z_strm.total_out;
+		z_strm.avail_out = nalloc - z_strm.total_out;
+	    }
+	}
+	
+	H5MM_xfree(*buf);
+	*buf = outbuf;
+	outbuf = NULL;
+	*buf_size = nalloc;
+	ret_value = z_strm.total_out;
+	inflateEnd(&z_strm);
+	
+    } else {
+	/*
+	 * Output; compress but fail if the result would be larger than the
+	 * input.  The library doesn't provide in-place compression, so we
+	 * must allocate a separate buffer for the result.
+	 */
+	const Bytef	*z_src = (const Bytef*)(*buf);
+	Bytef		*z_dst;		/*destination buffer		*/
+	uLongf		z_dst_nbytes = (uLongf)nbytes;
+	uLong		z_src_nbytes = (uLong)nbytes;
+
+	if (NULL==(z_dst=outbuf=H5MM_malloc(nbytes))) {
+	    HGOTO_ERROR(H5E_RESOURCE, H5E_NOSPACE, 0,
+			"unable to allocate deflate destination buffer");
+	}
+	status = compress2 (z_dst, &z_dst_nbytes, z_src, z_src_nbytes,
+			    aggression);
+	if (Z_BUF_ERROR==status) {
+	    HGOTO_ERROR(H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "overflow");
+	} else if (Z_MEM_ERROR==status) {
+	    HGOTO_ERROR (H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "deflate memory error");
+	} else if (Z_OK!=status) {
+	    HGOTO_ERROR (H5E_PLINE, H5E_CANTINIT, 0, "deflate error");
+	} else {
+	    H5MM_xfree(*buf);
+	    *buf = outbuf;
+	    outbuf = NULL;
+	    *buf_size = nbytes;
+	    ret_value = z_dst_nbytes;
+	}
+    }
+#else
+    HGOTO_ERROR (H5E_PLINE, H5E_UNSUPPORTED, 0,
+		 "hdf5 was not compiled with zlib-1.0.2 or better");
+#endif
+
+ done:
+    H5MM_xfree(outbuf);
+    FUNC_LEAVE (ret_value);
+}
diff --git a/src/H5Zprivate.h b/src/H5Zprivate.h
index 4e22144..690bf9e 100644
--- a/src/H5Zprivate.h
+++ b/src/H5Zprivate.h
@@ -9,6 +9,7 @@
 #define _H5Zprivate_H
 
 #include <H5Zpublic.h>
+#include <H5Fprivate.h>
 
 /*
  * The filter table maps filter identification numbers to structs that
diff --git a/src/H5Zpublic.h b/src/H5Zpublic.h
index ea9e62f..f88d1f5 100644
--- a/src/H5Zpublic.h
+++ b/src/H5Zpublic.h
@@ -55,6 +55,10 @@ extern "C" {
 __DLL__ herr_t H5Zregister(H5Z_filter_t id, const char *comment,
 			   H5Z_func_t filter);
 
+size_t H5Z_filter_deflate(unsigned flags, size_t cd_nelmts,
+			  const unsigned cd_values[], size_t nbytes,
+			  size_t *buf_size, void **buf);
+
 #ifdef __cplusplus
 }
 #endif
diff --git a/src/Makefile.in b/src/Makefile.in
index da03c0e..2c3be81 100644
--- a/src/Makefile.in
+++ b/src/Makefile.in
@@ -27,7 +27,8 @@ LIB_SRC=H5.c H5A.c H5AC.c H5B.c H5D.c H5E.c H5F.c H5Farray.c H5Fistore.c \
     H5Oattr.c H5Ocomp.c H5Ocont.c H5Odtype.c H5Oefl.c H5Ofill.c H5Olayout.c \
     H5Omtime.c H5Oname.c H5Onull.c H5Osdspace.c H5Oshared.c H5Ostab.c H5P.c \
     H5R.c H5RA.c H5S.c H5Sall.c H5Shyper.c H5Smpio.c H5Snone.c H5Spoint.c \
-    H5Sselect.c H5T.c H5Tbit.c H5Tconv.c H5Tinit.c H5Tvlen.c H5TB.c H5V.c H5Z.c
+    H5Sselect.c H5T.c H5Tbit.c H5Tconv.c H5Tinit.c H5Tvlen.c H5TB.c H5V.c \
+    H5Z.c H5Zdeflate.c
 
 LIB_OBJ=$(LIB_SRC:.c=.lo)