[svn-r4292]

Purpose:
    Bug Fix
Description:
    The way we were generating Dependencies and .depend files was broken.
    If the $srcdir or other macros began with a ".", then it would match
    anything and cause problems since it would then overwrite the
    beginning of the header file's path.
Solution:
    Wrote a Perl script which can handle this type of weirdness better.
    It's only used when the environment is a GNU one with a GCC
    compiler...
Platforms tested:
    Linux

5 files changed, 652 insertions, 0 deletions

diff --git a/tools/gifconv/Dependencies b/tools/gifconv/Dependencies
index e69de29..4730190 100644
--- a/tools/gifconv/Dependencies
+++ b/tools/gifconv/Dependencies
@@ -0,0 +1,291 @@
+## This file is machine generated on GNU systems.
+## Only temporary changes may be made here.
+
+decompress.lo: \
+   $(srcdir)/decompress.c \
+   $(srcdir)/gif.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h
+gif2hdf.lo: \
+   $(srcdir)/gif2hdf.c \
+   $(srcdir)/gif.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h
+gif2mem.lo: \
+   $(srcdir)/gif2mem.c \
+   $(srcdir)/gif.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h
+gifread.lo: \
+   $(srcdir)/gifread.c \
+   $(srcdir)/gif.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h
+hdf2gif.lo: \
+   $(srcdir)/hdf2gif.c \
+   $(srcdir)/gif.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h
+hdfgifwr.lo: \
+   $(srcdir)/hdfgifwr.c \
+   $(srcdir)/gif.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h
+readhdf.lo: \
+   $(srcdir)/readhdf.c \
+   $(srcdir)/gif.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h
+writehdf.lo: \
+   $(srcdir)/writehdf.c \
+   $(srcdir)/gif.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h
diff --git a/tools/h5dump/Dependencies b/tools/h5dump/Dependencies
index e69de29..aeb59ae 100644
--- a/tools/h5dump/Dependencies
+++ b/tools/h5dump/Dependencies
@@ -0,0 +1,80 @@
+## This file is machine generated on GNU systems.
+## Only temporary changes may be made here.
+
+h5dump.lo: \
+   $(srcdir)/h5dump.c \
+   $(srcdir)/h5dump.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5private.h \
+   $(top_builddir)/src/H5config.h \
+   $(top_srcdir)/tools/lib/h5tools.h \
+   $(top_srcdir)/tools/lib/h5tools_utils.h
+h5dumptst.lo: \
+   $(srcdir)/h5dumptst.c \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5private.h \
+   $(top_builddir)/src/H5config.h
diff --git a/tools/h5ls/Dependencies b/tools/h5ls/Dependencies
index e69de29..c4a2db1 100644
--- a/tools/h5ls/Dependencies
+++ b/tools/h5ls/Dependencies
@@ -0,0 +1,42 @@
+## This file is machine generated on GNU systems.
+## Only temporary changes may be made here.
+
+h5ls.lo: \
+   $(srcdir)/h5ls.c \
+   $(top_srcdir)/src/H5private.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_builddir)/src/H5config.h \
+   $(top_srcdir)/tools/lib/h5tools.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h \
+   $(top_srcdir)/tools/lib/h5tools_utils.h
diff --git a/tools/lib/Dependencies b/tools/lib/Dependencies
index e69de29..808759b 100644
--- a/tools/lib/Dependencies
+++ b/tools/lib/Dependencies
@@ -0,0 +1,156 @@
+## This file is machine generated on GNU systems.
+## Only temporary changes may be made here.
+
+h5tools.lo: \
+   $(srcdir)/h5tools.c \
+   $(srcdir)/h5tools.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h \
+   $(srcdir)/h5tools_str.h \
+   $(srcdir)/h5tools_utils.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5private.h \
+   $(top_builddir)/src/H5config.h
+h5tools_str.lo: \
+   $(srcdir)/h5tools_str.c \
+   $(top_srcdir)/src/H5private.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_builddir)/src/H5config.h \
+   $(srcdir)/h5tools.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h \
+   $(srcdir)/h5tools_str.h
+h5tools_utils.lo: \
+   $(srcdir)/h5tools_utils.c \
+   $(srcdir)/h5tools_utils.h \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5private.h \
+   $(top_builddir)/src/H5config.h
+talign.lo: \
+   $(srcdir)/talign.c \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h \
+   $(srcdir)/h5tools.h
diff --git a/tools/misc/Dependencies b/tools/misc/Dependencies
index e69de29..5af7039 100644
--- a/tools/misc/Dependencies
+++ b/tools/misc/Dependencies
@@ -0,0 +1,83 @@
+## This file is machine generated on GNU systems.
+## Only temporary changes may be made here.
+
+h5debug.lo: \
+   $(srcdir)/h5debug.c \
+   $(top_srcdir)/src/H5private.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_builddir)/src/H5config.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Iprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Pprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Oprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Sprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpkg.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLprivate.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h
+h5import.lo: \
+   $(srcdir)/h5import.c
+h5repart.lo: \
+   $(srcdir)/h5repart.c
+pdb2hdf.lo: \
+   $(srcdir)/pdb2hdf.c \
+   $(top_srcdir)/src/hdf5.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5public.h \
+   $(top_builddir)/src/H5pubconf.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5api_adpt.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ipublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Apublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5ACpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Bpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Dpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Epublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Fpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Gpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HGpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5HLpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5MMpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Opublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Ppublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Zpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Rpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Spublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5Tpublic.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDcore.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDfamily.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmpio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsec2.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstdio.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDsrb.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDgass.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDdpss.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDstream.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDmulti.h \
+   $(top_srcdir)/src/H5FDlog.h \
+   pdb.h \
+   score.h