summaryrefslogtreecommitdiffstats
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Diffstat (limited to 'src')
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7 files changed, 373 insertions, 342 deletions
diff --git a/src/.distdep b/src/.distdep
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--- a/src/.distdep
+++ b/src/.distdep
@@ -1,34 +1,3 @@
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- H5.c \
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- H5Tpublic.h
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H5A.c \
H5private.h \
@@ -62,111 +31,6 @@ H5A.o: \
H5Ppublic.h \
H5Apkg.h \
H5Aprivate.h
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- H5AC.c \
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- H5config.h \
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- H5MFpublic.h \
- H5MMprivate.h
-H5D.o: \
- H5D.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Iprivate.h \
- H5Ipublic.h \
- H5ACprivate.h \
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- H5E.c \
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- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Iprivate.h \
- H5Ipublic.h \
- H5Eprivate.h
-H5F.o: \
- H5F.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Aprivate.h \
- H5Apublic.h \
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- H5Dpublic.h \
- H5Dprivate.h \
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- H5Opublic.h \
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- H5HGpublic.h \
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- H5Sprivate.h \
- H5Spublic.h \
- H5Zprivate.h \
- H5Zpublic.h \
- H5Iprivate.h \
- H5ACprivate.h \
- H5ACpublic.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5MMprivate.h \
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H5Farray.o: \
H5Farray.c \
H5private.h \
@@ -203,55 +67,6 @@ H5Fcore.o: \
H5Eprivate.h \
H5Epublic.h \
H5Ipublic.h
-H5Ffamily.o: \
- H5Ffamily.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5Ipublic.h
-H5Fistore.o: \
- H5Fistore.c \
- H5private.h \
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- H5config.h \
- H5Dprivate.h \
- H5Dpublic.h \
- H5Ipublic.h \
- H5Fprivate.h \
- H5Fpublic.h \
- H5Gprivate.h \
- H5Gpublic.h \
- H5Bprivate.h \
- H5Bpublic.h \
- H5Oprivate.h \
- H5Opublic.h \
- H5HGprivate.h \
- H5HGpublic.h \
- H5Tprivate.h \
- H5Tpublic.h \
- H5Sprivate.h \
- H5Spublic.h \
- H5Zprivate.h \
- H5Zpublic.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5MFprivate.h \
- H5MFpublic.h
-H5Flow.o: \
- H5Flow.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5Ipublic.h \
- H5Fprivate.h \
- H5Fpublic.h \
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- H5MMprivate.h \
- H5MMpublic.h
H5Fmpio.o: \
H5Fmpio.c \
H5private.h \
@@ -450,24 +265,6 @@ H5HG.o: \
H5MFprivate.h \
H5MFpublic.h \
H5MMprivate.h
-H5HL.o: \
- H5HL.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5ACprivate.h \
- H5ACpublic.h \
- H5Fprivate.h \
- H5Fpublic.h \
- H5Ipublic.h \
- H5Dpublic.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5HLprivate.h \
- H5HLpublic.h \
- H5MFprivate.h \
- H5MFpublic.h \
- H5MMprivate.h
H5I.o: \
H5I.c \
H5private.h \
@@ -476,14 +273,6 @@ H5I.o: \
H5Iprivate.h \
H5Ipublic.h \
H5Eprivate.h
-H5MF.o: \
- H5MF.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5Ipublic.h
H5MM.o: \
H5MM.c \
H5private.h \
@@ -492,34 +281,6 @@ H5MM.o: \
H5Eprivate.h \
H5Epublic.h \
H5Ipublic.h
-H5O.o: \
- H5O.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5ACprivate.h \
- H5ACpublic.h \
- H5Fprivate.h \
- H5Fpublic.h \
- H5Ipublic.h \
- H5Dpublic.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5MFprivate.h \
- H5MFpublic.h \
- H5MMprivate.h \
- H5MMpublic.h \
- H5Oprivate.h \
- H5Opublic.h \
- H5Gprivate.h \
- H5Gpublic.h \
- H5Bprivate.h \
- H5Bpublic.h \
- H5HGprivate.h \
- H5HGpublic.h \
- H5Tprivate.h \
- H5Tpublic.h \
- H5Sprivate.h
H5Oattr.o: \
H5Oattr.c \
H5private.h \
@@ -668,29 +429,6 @@ H5Olayout.o: \
H5Sprivate.h \
H5Spublic.h \
H5Zprivate.h
-H5Omtime.o: \
- H5Omtime.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5Ipublic.h \
- H5MMprivate.h \
- H5MMpublic.h \
- H5Oprivate.h \
- H5Opublic.h \
- H5Fprivate.h \
- H5Fpublic.h \
- H5Dpublic.h \
- H5Gprivate.h \
- H5Gpublic.h \
- H5Bprivate.h \
- H5Bpublic.h \
- H5HGprivate.h \
- H5HGpublic.h \
- H5Tprivate.h \
- H5Tpublic.h
H5Oname.o: \
H5Oname.c \
H5private.h \
@@ -829,29 +567,6 @@ H5P.o: \
H5Eprivate.h \
H5Epublic.h \
H5MMprivate.h
-H5S.o: \
- H5S.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Iprivate.h \
- H5Ipublic.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5MMprivate.h \
- H5MMpublic.h \
- H5Oprivate.h \
- H5Opublic.h \
- H5Fprivate.h \
- H5Fpublic.h \
- H5Dpublic.h \
- H5Gprivate.h \
- H5Gpublic.h \
- H5Bprivate.h \
- H5Bpublic.h \
- H5HGprivate.h \
- H5HGpublic.h \
- H5Tprivate.h
H5Sall.o: \
H5Sall.c \
H5private.h \
@@ -898,29 +613,6 @@ H5Shyper.o: \
H5HGpublic.h \
H5Tprivate.h \
H5Tpublic.h
-H5Smpio.o: \
- H5Smpio.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5Ipublic.h \
- H5Sprivate.h \
- H5Spublic.h \
- H5Gprivate.h \
- H5Gpublic.h \
- H5Bprivate.h \
- H5Bpublic.h \
- H5Fprivate.h \
- H5Fpublic.h \
- H5Dpublic.h \
- H5Oprivate.h \
- H5Opublic.h \
- H5HGprivate.h \
- H5HGpublic.h \
- H5Tprivate.h \
- H5Tpublic.h
H5Spoint.o: \
H5Spoint.c \
H5private.h \
@@ -972,34 +664,6 @@ H5Sselect.o: \
H5Tpublic.h \
H5Zprivate.h \
H5Zpublic.h
-H5T.o: \
- H5T.c \
- H5private.h \
- H5public.h \
- H5config.h \
- H5Dprivate.h \
- H5Dpublic.h \
- H5Ipublic.h \
- H5Fprivate.h \
- H5Fpublic.h \
- H5Gprivate.h \
- H5Gpublic.h \
- H5Bprivate.h \
- H5Bpublic.h \
- H5Oprivate.h \
- H5Opublic.h \
- H5HGprivate.h \
- H5HGpublic.h \
- H5Tprivate.h \
- H5Tpublic.h \
- H5Sprivate.h \
- H5Spublic.h \
- H5Zprivate.h \
- H5Zpublic.h \
- H5Iprivate.h \
- H5Eprivate.h \
- H5Epublic.h \
- H5MMprivate.h
H5Tbit.o: \
H5Tbit.c \
H5private.h \
@@ -1090,6 +754,143 @@ H5V.o: \
H5Tpublic.h \
H5Sprivate.h \
H5Spublic.h
+H5AC.o: \
+ H5AC.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5ACprivate.h \
+ H5ACpublic.h \
+ H5Fprivate.h \
+ H5Fpublic.h \
+ H5Ipublic.h \
+ H5Dpublic.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h
+H5B.o: \
+ H5B.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5ACprivate.h \
+ H5ACpublic.h \
+ H5Fprivate.h \
+ H5Fpublic.h \
+ H5Ipublic.h \
+ H5Dpublic.h \
+ H5Bprivate.h \
+ H5Bpublic.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h \
+ H5MFprivate.h \
+ H5MFpublic.h \
+ H5MMprivate.h
+H5E.o: \
+ H5E.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5Iprivate.h \
+ H5Ipublic.h \
+ H5Eprivate.h
+H5Ffamily.o: \
+ H5Ffamily.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h \
+ H5Ipublic.h
+H5Flow.o: \
+ H5Flow.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h \
+ H5Ipublic.h \
+ H5Fprivate.h \
+ H5Fpublic.h \
+ H5Dpublic.h \
+ H5MMprivate.h \
+ H5MMpublic.h
+H5HL.o: \
+ H5HL.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5ACprivate.h \
+ H5ACpublic.h \
+ H5Fprivate.h \
+ H5Fpublic.h \
+ H5Ipublic.h \
+ H5Dpublic.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h \
+ H5HLprivate.h \
+ H5HLpublic.h \
+ H5MFprivate.h \
+ H5MFpublic.h \
+ H5MMprivate.h
+H5MF.o: \
+ H5MF.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h \
+ H5Ipublic.h
+H5O.o: \
+ H5O.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5ACprivate.h \
+ H5ACpublic.h \
+ H5Fprivate.h \
+ H5Fpublic.h \
+ H5Ipublic.h \
+ H5Dpublic.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h \
+ H5MFprivate.h \
+ H5MFpublic.h \
+ H5MMprivate.h \
+ H5MMpublic.h \
+ H5Oprivate.h \
+ H5Opublic.h \
+ H5Gprivate.h \
+ H5Gpublic.h \
+ H5Bprivate.h \
+ H5Bpublic.h \
+ H5HGprivate.h \
+ H5HGpublic.h \
+ H5Tprivate.h \
+ H5Tpublic.h \
+ H5Sprivate.h
+H5Smpio.o: \
+ H5Smpio.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h \
+ H5Ipublic.h \
+ H5Sprivate.h \
+ H5Spublic.h \
+ H5Gprivate.h \
+ H5Gpublic.h \
+ H5Bprivate.h \
+ H5Bpublic.h \
+ H5Fprivate.h \
+ H5Fpublic.h \
+ H5Dpublic.h \
+ H5Oprivate.h \
+ H5Opublic.h \
+ H5HGprivate.h \
+ H5HGpublic.h \
+ H5Tprivate.h \
+ H5Tpublic.h
H5Z.o: \
H5Z.c \
H5private.h \
@@ -1117,3 +918,202 @@ H5Z.o: \
H5Spublic.h \
H5Zprivate.h \
H5Zpublic.h
+H5D.o: \
+ H5D.c \
+ H5private.h \
+ H5public.h \
+ H5config.h \
+ H5Iprivate.h \
+ H5Ipublic.h \
+ H5ACprivate.h \
+ H5ACpublic.h \
+ H5Fprivate.h \
+ H5Fpublic.h \
+ H5Dpublic.h \
+ H5Dprivate.h \
+ H5Gprivate.h \
+ H5Gpublic.h \
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+ H5Bpublic.h \
+ H5Oprivate.h \
+ H5Opublic.h \
+ H5HGprivate.h \
+ H5HGpublic.h \
+ H5Tprivate.h \
+ H5Tpublic.h \
+ H5Sprivate.h \
+ H5Spublic.h \
+ H5Zprivate.h \
+ H5Zpublic.h \
+ H5Eprivate.h \
+ H5Epublic.h \
+ H5HLprivate.h \
+ H5HLpublic.h \
+ H5MFprivate.h \
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+H5F.o: \
+ H5F.c \
+ H5private.h \
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+ H5Aprivate.h \
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index 072f6d0..465cbb2 100644
--- a/src/H5.c
+++ b/src/H5.c
@@ -391,8 +391,9 @@ H5_debug_mask(const char *s)
} else if (isdigit(*s)) {
int fd = (int)HDstrtol (s, &rest, 0);
- stream = HDfdopen (fd, "w");
- setvbuf (stream, NULL, _IOLBF, 0);
+ if ((stream=HDfdopen(fd, "w"))) {
+ setvbuf (stream, NULL, _IOLBF, 0);
+ }
s = rest;
} else {
s++;
@@ -2124,7 +2125,11 @@ H5_trace (hbool_t returning, const char *func, const char *type, ...)
}
} else {
vp = va_arg (ap, void*);
- fprintf (out, "0x%lx", (unsigned long)vp);
+ if (vp) {
+ fprintf (out, "0x%lx", (unsigned long)vp);
+ } else {
+ fprintf(out, "NULL");
+ }
}
break;
diff --git a/src/H5Distore.c b/src/H5Distore.c
index 94d3590..e94e627 100644
--- a/src/H5Distore.c
+++ b/src/H5Distore.c
@@ -471,6 +471,12 @@ H5F_istore_new_node(H5F_t *f, H5B_ins_t op,
* that describes the chunk) and RT_KEY is the right key (the
* one that describes the next or last chunk).
*
+ * Note: It's possible that the chunk isn't really found. For
+ * instance, in a sparse dataset the requested chunk might fall
+ * between two stored chunks in which case this function is
+ * called with the maximum stored chunk indices less than the
+ * requested chunk indices.
+ *
* Return: Success: SUCCEED with information about the chunk
* returned through the UDATA argument.
*
@@ -500,6 +506,13 @@ H5F_istore_found(H5F_t __unused__ *f, const haddr_t *addr,
assert(udata);
assert(lt_key);
+ /* Is this *really* the requested chunk? */
+ for (i=0; i<udata->mesg.ndims; i++) {
+ if (udata->key.offset[i]>=lt_key->offset[i]+udata->mesg.dim[i]) {
+ HRETURN(FAIL);
+ }
+ }
+
/* Initialize return values */
udata->addr = *addr;
udata->key.nbytes = lt_key->nbytes;
diff --git a/src/H5Fistore.c b/src/H5Fistore.c
index 94d3590..e94e627 100644
--- a/src/H5Fistore.c
+++ b/src/H5Fistore.c
@@ -471,6 +471,12 @@ H5F_istore_new_node(H5F_t *f, H5B_ins_t op,
* that describes the chunk) and RT_KEY is the right key (the
* one that describes the next or last chunk).
*
+ * Note: It's possible that the chunk isn't really found. For
+ * instance, in a sparse dataset the requested chunk might fall
+ * between two stored chunks in which case this function is
+ * called with the maximum stored chunk indices less than the
+ * requested chunk indices.
+ *
* Return: Success: SUCCEED with information about the chunk
* returned through the UDATA argument.
*
@@ -500,6 +506,13 @@ H5F_istore_found(H5F_t __unused__ *f, const haddr_t *addr,
assert(udata);
assert(lt_key);
+ /* Is this *really* the requested chunk? */
+ for (i=0; i<udata->mesg.ndims; i++) {
+ if (udata->key.offset[i]>=lt_key->offset[i]+udata->mesg.dim[i]) {
+ HRETURN(FAIL);
+ }
+ }
+
/* Initialize return values */
udata->addr = *addr;
udata->key.nbytes = lt_key->nbytes;
diff --git a/src/H5Omtime.c b/src/H5Omtime.c
index 0a6ebea..3daf15a 100644
--- a/src/H5Omtime.c
+++ b/src/H5Omtime.c
@@ -307,7 +307,7 @@ H5O_mtime_debug(H5F_t __unused__ *f, const void *_mesg, FILE *stream,
tm = localtime(mesg);
- strftime(buf, sizeof(buf), "%Y-%m-%d %H:%M:%S %z", tm);
+ strftime(buf, sizeof(buf), "%Y-%m-%d %H:%M:%S %Z", tm);
fprintf(stream, "%*s%-*s %s\n", indent, "", fwidth,
"Time:", buf);
diff --git a/src/H5T.c b/src/H5T.c
index 15f2bef..91eddc8 100644
--- a/src/H5T.c
+++ b/src/H5T.c
@@ -2829,7 +2829,7 @@ H5Tinsert (hid_t parent_id, const char *name, size_t offset, hid_t member_id)
*/
herr_t
H5Tinsert_array (hid_t parent_id, const char *name, size_t offset,
- int ndims, const size_t *dim, const int *perm,
+ int ndims, const size_t dim[/*ndims*/], const int *perm,
hid_t member_id)
{
H5T_t *parent = NULL; /*the compound parent data type */
diff --git a/src/H5Tpublic.h b/src/H5Tpublic.h
index 8f72510..fb37ddb 100644
--- a/src/H5Tpublic.h
+++ b/src/H5Tpublic.h
@@ -383,7 +383,7 @@ hbool_t H5Tcommitted (hid_t type_id);
herr_t H5Tinsert (hid_t parent_id, const char *name, size_t offset,
hid_t member_id);
herr_t H5Tinsert_array (hid_t parent_id, const char *name, size_t offset,
- int ndims, const size_t *dim, const int *perm,
+ int ndims, const size_t dim[], const int *perm,
hid_t member_id);
herr_t H5Tpack (hid_t type_id);
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